개정 형사소송법 시행과 공소청 출범을 앞두고 검찰 내부와 여권 일각은 과학수사부와 범죄정보기획관실의 존속 방식에 대해 다른 입장을 보이고 있다. 법과학분석과 등 과수부는 DNA 검출 등으로 용의자의 죄명을 바꿀 수 있는 과학 수사 역량을 유지해야 한다고 주장하며, 황운하 의원은 중대범죄수사청으로 이관할 것을 제안했다. 반면 검찰은 부산 돌려차기 사건 등에서 공소유지를 위해 독립적인 검증이 필요하다고 보며 과수부를 아예 대검에서 분리하는 방안도 거론하고 있다.
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